財政部高雄國稅局表示，依營業人銷售額與稅額申報書「海關代徵營業稅繳納證扣抵聯欄」填寫說明規定，以海關核發之代徵營業稅繳納證扣抵聯所載稅基金額及營業稅稅額，填入該繳納證銀行收款日期所屬期（月）份之銷售額與稅額申報書。因此營業人應以銀行收款日所屬期別，申報海關代徵營業稅繳納證進項稅額。若當期未提出申報，依加值型及非加值型營業稅法施行細則第29條規定，進項稅額憑證之申報扣抵期間，於支付進項稅額取得該憑證之當期起算10年內都可提出申報扣抵；又非屬當期之進項稅額，依財政部107年8月29日台財稅字第10704610960號令規定，不得提前申報扣抵銷項稅額。
舉例說明，甲公司於112年8月31日進口貨物取得海關進口貨物稅費繳納證，並於隔天9月1日繳納海關代徵之營業稅，因海關代徵之營業稅繳納日期所屬月份為112年9月，故該張海關代徵營業稅繳納證應於112年9-10月申報期別始能提出申報扣抵該期銷項稅額。
該局提醒，營業人於取得海關代徵營業稅繳納證時，應詳細核對內容，並就所載營業稅額於繳納日期所屬月份提出申報扣抵。